شاید مهم ترین دسته فاکتورهای رونویسی، مجموعه ژنی باشد که به hox یا homeobox معروف اند. این ژن ها کارشان این است که از اولین ساعات تکثیر تخم تک سلولی به موجود پر سلولی، چینش سلول ها را کنترل می کنند. در همه رده های جانداران از خزندگان تا پستانداران و از ماهی ها تا بی مهرگان، همگی از همین دسته ژن برخوردار هستند. به همین دلیل است که در همه سلسله حیوانات، شکل بدن یک چهارچوب کلی دارد: یک تنه که از یک سو دهان دارد و در سوی دیگر یک مقعد، این وسط هم بسته به موجود، یک تعداد زائده دست و پا و دم و .. .
انسان ها چهار دسته ده تایی از این ژن هاکس دارند. یک دسته بروی کروموزوم ۱۲. شیوه چینش این ژن ها هم جالب است: چند تای اول در این دسته ۱۰تایی همیشه قسمت سر را کنترل می کنند چند تای بعدی تنه و به همین ترتیب تا انتهای بدن. دلیل این موضوع آشکار نیست ولی در همه جانداران به همین شکل است.
دانشمندان به بخش هایی از دی ان ای که هدف تغییر بسیار ناچیز در طول فرگشت بوده اند، مناطق فوق حفاظت شده highly conserved regions می گویند. hoxیکی از این مناطق است و زیاد سخت نیست که بفهمیم چرا تغییر در این مناطق بین حیوانات مختلف تا به این حد کم بوده است. کافی ست که یک بخش کوچک در این ژن دستکاری بشود تا موجود بیچاره بروی پایش چشم بروید یا اینکه دو تا آرواره پایینی داشته باشد یا اینکه بروی شکم اش دست بروید. بعد از بیلیون ها سال فرگشت، شما هنوز می توانید ژن های هاکس را از بدن یک خروس در بیاورید و به جای ژن های هاکس یک پشه بگذارید و نتیجه همچنان یک پشه بدون مشکل عمده است. این مناطق توسط مکانیسم های پیچیده و چندگانه ای، از جهش حفاظت می شوند (لایه های پروتئینی، این ژن ها را از گزند محرک های محیطی در امان می دارند و به جز در مواقع ارگان سازی در جنین، این ژن ها در دسترس هیچ کدام از ارگان های سلول نیستند). هر حیوان بیچاره ای که ژن اش تغییر کرده، به احتمال زیاد حتی فرصت خروج از تخم یا رحم را هم نداشته و بنابراین این ژن، به همین شکل در میان سلسله حیوانات ثابت مانده است. اما طبیعت بازی های زیادی دارد. بعضی از موجودات، یک کپی اضافه از کل ژن بر می دارند و با نسخه دوم ژن، بازی می کنند تا بتوانند شاخک های اضافی، پاهای اضافی یا هر چیز دیگری تولید بکنند. این قمار خطرناک را تنها عده ای معدود می برند ولی آنهایی که پیروز اند، قابلیت های شگفت آوری پیدا می کنند.